[누구나 해보는 단백질 디자인] 4(완). 현실 세계에서 디자인된 단백질 만들기 by 남궁석

[누구나 해보는 단백질 디자인] 4(완). 현실 세계에서 디자인된 단백질 만들기

남궁석 · 'Mad Scientist'

2023/05/04

지금까지 알아본 ‘단백질 디자인’ 은 모두 디지털 월드에서 벌어진 일이었다. 즉, 단백질 아미노산 서열이건 구조이건 결국 디지털의 신호로 존재하는 것이었고, 물리적인 형태의 실재하는 단백질을 만들어 과연 예상대로 디자인된 단백질이 작동하는지를 확인한 것은 아니었다.

그렇다면 이러한 디지털 공간의 단백질을 실존하는 화학 물질인 단백질로 만들어 그 특성을 조사하려면 어떻게 해야 할까? 물론 오늘날 실험생물학, 특히 단백질을 직접 만들어 실험하는 생화학, 구조생물학을 연구하는 연구자라면 잘 아는 내용이겠지만, 모든 사람들이 주어진 단백질 서열 정보를 어떻게 단백질로 만드는지를 잘 아는 것은 아니다. 일반인은 물론이고 연구자, 심지어 단백질 디자인이나 예측의 ‘디지털 도메인’ 즉 인실리코 (in sillico) 쪽에서 컴퓨터를 가지고 연구하는 연구자들이라면 이런 실험적인 분야에 지식이 부족할 수도 있다.

물론 인실리코 위주의 연구자는 실험을 하는 웻 랩 위주의 연구자와 공동연구를 하면 되지 않겠느냐라고 생각할 수 있겠지만, 이러한 공동연구를 오래 진행한 사람이라면 ‘내가 실험을 하고 만다’ (혹은 내가 분석을 하고 만다) 하는 욕망을 가지게 되는 경우가 많다. (왜 그런지는 공동연구를 해 보면 알게 된다 ㅋㅋ) 혹은 이러한 단백질 디자인에 대해서 관심을 갖게된 학생 혹은 일반인이 과연 이러한 단백질을 어떻게 실제로 만들 수 있을지에 대해서 궁금해할지도 모른다.

아무튼 단백질 디자인 실습을 마치는 이번 연재에서는 이러한 ‘실험 뉴비’ 를 위하여 어떻게 디자인된 단백질로부터 실제 단백질을 만드는 과정을 차근차근 알아보도록 한다.

돈이 많고 귀찮은 것은 싫다면..모든 것을 의뢰하면 된다.

사실 단백질을 생산하고 구조 결정이나 생화학 실험 등을 늘상 하는 연구실이라면 모르겠지만 그렇지 않은 연구실에서 재조합 단백질 생산 실험을 세팅하는 것은 번거로운 일이다. 만약 돈에는 제약이 없고 가장 간편하게 디자인된 단백질만 얻고 싶다면, 그냥 단백질 생산을 수탁 의뢰받아 생산해주는...