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알파폴드 3 의 강림 - 진정한 AI 기반 신약 개발의 시대가 열리나? by 남궁석 - 얼룩소 alookso

작년 얼룩소 연재를 통하여 딥마인드의 단백질 구조 예측 인공지능 '알파폴드' (Alphafold) 에 대한 내용을 소개한 적이 있다. 일단 이 내용을 잘 모르는 분은 이 글부터 읽고 시작하도록 하자. 이 이야기는 기존의 알파폴드 2 의 한계에서부터 시작한다. 알파폴드 2 의 한계 2020년에 공개된 알파폴드 2 는 이전에는 실험에 의한  결정...

이전 글에서 알파폴드 3 이 알파폴드 2 에 비해서 어떻게 다른지에 대해서 설명했으나, 한 가지 중요한 부분을 생락한 것이 있다. 그것은 소프트웨어가 어떻게 공개되는지의 여부이다.

이전의 알파폴드 2 는 논문 출판과 동시에 GitHub 을 통하여 소스 코드와 weight 가 공개되어 누구라도 코드를 수정하고, 직접 실행해 볼 수 있는 '오픈 소스' 로 공개되었다. 이러한 오픈 소스 정책은 학계에 매우 큰 반향을 일으켰는데, 직접 알파폴드 2 를 실행해서 딥마인드의 결과를 검증하는 것은 물론이고, 공개된 소스 코드에 기반하여 이를 수정하여 딥마인드가 제공하지 못했던 기능을 추가하거나, 심지어는 딥마인드가 알파폴드 2 개발 시에는 의도하지 않았던 사용 방법을 개발하여 프로그램의 활용도를 높이기도 하였다.

가령 알파폴드 2 의 처음 공개 당시에는 단백질 간의 복합체의 예측 능력은 상정하지 않았으나, 알파폴드 2 의 코드가 공개된 이후, 연구자들은 서로 결합하...