o
0
글
0
팔로워
1
팔로잉

ohjiwon

프로필 공유로 응원하기
남궁석
남궁석

[과학 학술저널 이야기] 6. 오픈 억세스의 명과 암 : 메가 저널과 약탈적 저널

오픈 억세스의 탄생지금은 과학 저널을 인터넷을 통하여 온라인으로 보는 것이 보통이지만, 1990년대 중반까지만 하더라도 과학 저널을 보는 방법은 대학이나 연구 기관의 도서관에서 구독중인 저널 (종이 책) 을 찾아보는 것이었다. 최신호가 아닌 이전의 저널에 실린 연구 결과를 살펴보기 위해서는 제본되어 도서관 서고에 있는 저널을 직접 찾아 원하는 권호수와 페이지의 논문을 찾아 복사신청하여 보는 방식이었다.그러나 인터넷 보급이 급격히 늘어난 1990년대 말 이후 대부분의 저널은 급속히 온라인화되었으며 저널의 내용을 온라인으로 찾아보는 것이 일반적인 일이 되었다.  그렇다면 저널 사이트에 접속하면 인터넷에 접속할 수 있는 어디서건 논문을 찾아볼 수 있을까? 거의 대부분의 과학 저널에서는 해당 저널을구독하는 기관에서만 접속하여 온라인으로 논문을 볼 수 있도록 제한을 걸었다. 그 결과 저널을 구독하지 않는 기관에 소속된 사람은 설사 자신이 저자라고 할지라도 자신의 논문을 온라인에서 볼 수...
우주/생명 · 산업/기술/IT
1
남궁석
남궁석

[과학 학술저널 이야기] 4. 과학 저널 서열화, 임팩트 팩터, 과학의 왜곡

과학 저널의 서열화의 역사 현대의 과학 저널은 한국의 대학 서열화 풍조는 어린애 장난처럼 보일 정도로 서열화되어 있다. 단순히 ‘좋은 저널’ ‘그저 그런 저널’, ‘별로 좋지 않은 저널’ 과 같은 인식을 넘어서 분과 학문에서의 저널의 서열과 랭킹이 ‘점수’ 로 매겨져 있으며 어떤 서열을 가지는 저널에 논문을 냈느냐는 오늘날 연구자의 장래에 큰 영향을 미친다. 특히 ‘네이처’, ‘사이언스’, ‘셀’ 등과 같은 저널에의 집착은 엄청날 정도이다. 그러나 이러한 ‘저널 서열화’ 는 과연 이전부터 존재했던 것일까? 저널 출판의 역사를 살펴보면 오늘날과 같은 첨예한 저널 서열화는 상대적으로 최근의 일이라는 것을 알 수 있다. 가령 오늘날 대표적인 과학 저널이자 이러한 저널 서열화의 끝판왕 위치에 있는 ‘네이처’ 는 1869년 창간되었지만, 네이처가 처음부터 과학계의 ‘최고존엄’ 의 위치에 있었던 것은 아니었다. 창간되고 몇십 년이 흐를 동안 네이처는 주로 과학계의 뉴스를 다루는 ‘과...
산업/기술/IT · 우주/생명
2
남궁석
[알파폴드에서 단백질 디자인까지] 1. 단백질 구조는 왜 중요한가
남궁석
남궁석

[알파폴드에서 단백질 디자인까지] 5. 알파폴드는 과학 연구에 어떤 영향을 미쳤나

(글쓴이 주 : 이제부터는 2021년에 공개된 딥마인드의 두번째 알파폴드를 ‘알파폴드’ 로 칭하니 주의 바랍니다) 알파폴드가 놀라운 성능으로 단백질 구조를 예측가능하다는 것은 CASP 14 결과가 공개된 2020년 12월에 처음 알려졌지만, 알파폴드 의 전모가 공개된 것은 2021년 7월, 딥마인드가 알파폴드에 대한 논문을 발표하고, 알파폴드의 소스 코드를 오픈소스로 공개하여 누구나 실행시켜 볼 수 있도록 한 이후였다. 그 직후 전세계의 구조생물학자 및 계산생물학자들은 알파폴드의 세부적인 부분까지 뜯어보면서 과연 알파폴드가 어느 정도의 성능인지를 확인하였다.그림 1 :  알파폴드는 2021년 7월 오픈 소스로 누구나 수행해 볼 수 있도록 코드가 완전 공개되었다. 그 결과 알파폴드는 딥마인드가 이미 공개한 것처럼 높은 수준의 정확도로 구조를 예측할 수 있었다. 또한 구조 예측을 하는데는 처음 우려한 것처럼 엄청난 컴퓨터 리소스가 필요한 것도 아니라는 것이 밝혀졌다. 수백만...
산업/기술/IT
3
남궁석
[알파폴드에서 단백질 디자인까지] 1. 단백질 구조는 왜 중요한가
남궁석
남궁석

[알파폴드에서 단백질 디자인까지] 4. 알파폴드의 충격

2018년 CASP13 에 딥마인드라는 인공지능 분야의 가장 활발한 연구팀이 단백질 구조 예측에 뛰어든 것은 크게 화제가 되었고, 학계 연구팀들 역시 2018년 딥마인드가 적용한 것과 대동소이한 인공지능 방법론을 단백질 구조 예측에 적용하기 시작하였다. 2년 후에 열린 2020년 CASP14 에 참가한 대부분의 참가팀들은 나름대로의 인공지능 방법론을 들고 나와서 단백질 구조 예측에 임했다. 2020년 12월 CASP14 의 결과가 공개되었고, 모든 관계자 및 참가자들은 경악하였다. 한 참가팀이 다른 참가팀들과는 비교되지 않을 수준의 높은 정확도로 구조를 예측한 것이었다. 다른 참가팀들 역시 이전 대회에 비해서는 한층 진보한 예측 방법론을 들고 나왔지만, 그 의문의 참가팀의 예측의 정확도는 남달랐다. 이 참가팀은 예상대로 딥마인드의 새로운 단백질 구조 예측 시스템인 알파폴드였다 (2020년의 딥마인드의 예측 시스템 역시 ‘알파폴드’ 라는 이름을 가지고 있었으나, 2018년의 알...
산업/기술/IT
3
남궁석
[알파폴드에서 단백질 디자인까지] 1. 단백질 구조는 왜 중요한가
남궁석
남궁석

[알파폴드에서 단백질 디자인까지] 3.진화 정보 속에 숨어있는 단백질 구조의 실마리

아미노산 서열로부터 단백질 구조를 예측하는 것이 쉽게 풀기 어려운 ‘세기의 난제’ 로 알려진 지 몇십 년이 된 2010년경에 의외로 엉뚱한 분야에서 단백질 구조를 예측할 수 있는 실마리가 풀리기 시작한다. 그것은 언뜻 보기에는 단백질 구조를 푸는 것과는 별 상관이 없어보이는 다른 인접 학문분야에서의 발전에서 기인한다. DNA 시퀀싱 기술의 발전에 의한 단백질 서열 정보의 증가 과학.기술의 발전 과정을 살펴보면, 어떤 특정한 분야가 발전하게 되면 여기에 영향을 받아 직접적인 관련이 없어 보이는 분야의 발전이 촉진되는 경우가 종종 존재한다. 가령 1990년대 후반에 3D 게임의 등장에 따라서 3D 그래픽을 처리하기 위한 노력들이 GPU 라는 것을 만들었고, GPU가 3D 그래픽 처리 이외에도 행렬연산 등을 CPU에 비해서 훨씬 빠르게 처리할 수 있다는 것이 알려진 이후 과학기술분야의 계산에도 사용되기 시작하였고, 이는 2010년대 이후 딥러닝(Deep Learning)으로 대...
산업/기술/IT
남궁석
[알파폴드에서 단백질 디자인까지] 1. 단백질 구조는 왜 중요한가
남궁석
남궁석

[알파폴드에서 단백질 디자인까지] 2. 세기의 난제, 단백질 구조 예측

지난 글에서 단백질의 구조를 실험을 통해서 알아내는 것은 엄청나게 어려운 일이라는 것을 설명했다. 그렇다면 이번 글에서 이를 AI 의 슈퍼파워로 해결한 딥마인드와 알파폴드가 바로 등장할 것이라고 예상했을지도 모르겠으나, 알파폴드가 등장하기에는 아직 한참 (60년) 남았다. 일단 알파폴드가 등장하여 각광을 받은 원인은 ‘세기의 난제’ 라고 일컬어지던 문제, 즉 수십년 동안 많은 사람들이 풀려고 시도했지만 제대로 풀리지 않던 문제에 해결책을 제시했기 때문이다. 그렇다면 단백질의 구조를 아미노산에서 알아내는 것이 어떻게 세기의 난제가 되었는지를 알아볼 필요가 있다. 영화에서 주인공의 막강함을 절실히 느끼기 위해서는 주인공이 물리쳐야 하는 강적들의 무시무시함을 충분히 보여주는 ‘빌드업’ 이 필요한 것과 마찬가지이다. 그 이전에 과연 단백질의 아미노산 서열이라는 1차원적 정보만으로 단백질의 3차원 구조를 풀 수 있다고 생각하게 된 계기부터 알아보자. 이를 위해서는 시계를 196...
산업/기술/IT
3
남궁석
남궁석

[알파폴드에서 단백질 디자인까지] 1. 단백질 구조는 왜 중요한가

최근 몇 년 동안 생명과학계에서 일어난 사건 중 가장 혁신적인 일은 무엇일까? 딥마인드 (DeepMind) 가 개발한 인공지능인 알파폴드 (Alphafold) 에 의한 단백질 구조 예측은 생명과학에 조금이라도 관심이 있는 사람이라면 절대 빼놓을 수 없는 일대 사건이다. 실제로 인공지능에 의한 단백질 구조 예측은 네이처와 사이언스 등의 과학 잡지에서 공히 2021년의 과학 뉴스로 꼽히곤 했다. 그러나 단백질 구조 예측 이외에도 인공지능은 단백질 디자인 (Protein Design)과 같이 아직은 일반에게는 그리 생소하지 않은 분야에서도 혁신을 만들어내고 있다. 그러나 일반인들에게는 과연 인공지능이 단백질 구조를 예측한다는 것이 어떤 의미이며, 어떻게 중요한지에 대해서 잘 와닿지 않는듯 하다. 반면 몇년 전의 알파고 (AlphaGo) 때는 곧 인공지능이 모든 것을 해결해 줄 거야 식의 엄청난 반응을 이끌어 냈음에도 불구하고 말이다. 참고로 딥마인드 자신들은 알파폴드의 업적을 여...
산업/기술/IT
3 9