2023/01/27
(글쓴이 주 : 이제부터는 2021년에 공개된 딥마인드의 두번째 알파폴드를 ‘알파폴드’ 로 칭하니 주의 바랍니다)
알파폴드가 놀라운 성능으로 단백질 구조를 예측가능하다는 것은 CASP 14 결과가 공개된 2020년 12월에 처음 알려졌지만, 알파폴드 의 전모가 공개된 것은 2021년 7월, 딥마인드가 알파폴드에 대한 논문을 발표하고, 알파폴드의 소스 코드를 오픈소스로 공개하여 누구나 실행시켜 볼 수 있도록 한 이후였다. 그 직후 전세계의 구조생물학자 및 계산생물학자들은 알파폴드의 세부적인 부분까지 뜯어보면서 과연 알파폴드가 어느 정도의 성능인지를 확인하였다. 그림 1 : 알파폴드는 2021년 7월 오픈 소스로 누구나 수행해 볼 수 있도록 코드가 완전 공개되었다.
그 결과 알파폴드는 딥마인드가 이미 공개한 것처럼 높은 수준의 정확도로 구조를 예측할 수 있었다. 또한 구조 예측을 하는데는 처음 우려한 것처럼 엄청난 컴퓨터 리소스가 필요한 것도 아니라는 것이 밝혀졌다. 수백만원 정도면 구입할 수 있는 GPU가 달려있는 고사양 게이밍 PC 혹은 엔트리급 워크스테이션 정도의 컴퓨터에서도 무리없이 예측이 가능했다. 한마디로 요즘 사양 좋은 PC를 들여놨다고 하는 PC방 정도의 사양이면 문제없이 알파폴드를 돌릴 수 있게 된 것이다. 그리고 곧 구글의 클라우드 환경에서 직접 예측을 실행할 수 있는 배포판인 ‘코랩폴드(ColabFold)가 등장하여 웹 환경을 사용할 수 있는 사람이면 누구나 단백질 구조를 예측할 수 있게 되었다. 2021년 7월, '세기의 난제'이던 단백질 구조 예측은 스마트폰에서 웹 사이트에 접속하여 아미노산 서열을 입력하면 몇 분 후에 매우 정확한 구조를 예측할 수 있는 문제로 바뀌었다.
실험구조생물학자의 필수 도구가 된 알파폴드
알파폴드가 놀라운 성능으로 단백질 구조를 예측가능하다는 것은 CASP 14 결과가 공개된 2020년 12월에 처음 알려졌지만, 알파폴드 의 전모가 공개된 것은 2021년 7월, 딥마인드가 알파폴드에 대한 논문을 발표하고, 알파폴드의 소스 코드를 오픈소스로 공개하여 누구나 실행시켜 볼 수 있도록 한 이후였다. 그 직후 전세계의 구조생물학자 및 계산생물학자들은 알파폴드의 세부적인 부분까지 뜯어보면서 과연 알파폴드가 어느 정도의 성능인지를 확인하였다.
그 결과 알파폴드는 딥마인드가 이미 공개한 것처럼 높은 수준의 정확도로 구조를 예측할 수 있었다. 또한 구조 예측을 하는데는 처음 우려한 것처럼 엄청난 컴퓨터 리소스가 필요한 것도 아니라는 것이 밝혀졌다. 수백만원 정도면 구입할 수 있는 GPU가 달려있는 고사양 게이밍 PC 혹은 엔트리급 워크스테이션 정도의 컴퓨터에서도 무리없이 예측이 가능했다. 한마디로 요즘 사양 좋은 PC를 들여놨다고 하는 PC방 정도의 사양이면 문제없이 알파폴드를 돌릴 수 있게 된 것이다. 그리고 곧 구글의 클라우드 환경에서 직접 예측을 실행할 수 있는 배포판인 ‘코랩폴드(ColabFold)가 등장하여 웹 환경을 사용할 수 있는 사람이면 누구나 단백질 구조를 예측할 수 있게 되었다. 2021년 7월, '세기의 난제'이던 단백질 구조 예측은 스마트폰에서 웹 사이트에 접속하여 아미노산 서열을 입력하면 몇 분 후에 매우 정확한 구조를 예측할 수 있는 문제로 바뀌었다.
실험구조생물학자의 필수 도구가 된 알파폴드
가장 먼저 알파폴드의 유용성을 실감한 연구자들은 X선 결정학이나 초저온 전자...
구조기반 신약개발에 관심이 많은 구조생물학자
'과학자가 되는 방법'
'암 정복 연대기'
'세포, 생명의 마이크로 코스모스 탐사기'
'바이러스, 사회를 감염하다'
등의 책을 썼습니다
윤신영 : 매우 흥미있네요 ㄷ ㄷ ㄷ 하긴 인터넷과 컴퓨터만 있으면 북한에서도 별 제약없이 할 수 있는 분야이긴 하죠.
흥미진진한 글 잘 보고 있습니다. 관련이 조금 있지만 옆길로 많이 빠지는 이야기 하나를 답글로 쓰고 싶었는데 답글(이어쓰기)가 안 돼서... 따로 적고 링크로 연결합니다. CASP13에 북한 구조생물학자들이 출전한 적이 있었죠. 문득 생각나 이후 대회를 찾아봤습니다. 계속 출전했네요! 구조생물학이나 대회 관련해 잘못 이해한 부분이 있을 수 있습니다만, 재미로 봐주세요.^^; 앞으로도 연재 기대합니다. https://alook.so/posts/o7tlKWl
잘 읽었습니다. 감사합니다. (_ _)