(글쓴이 주 : 이제부터는 2021년에 공개된 딥마인드의 두번째 알파폴드를 ‘알파폴드’ 로 칭하니 주의 바랍니다)

알파폴드가 놀라운 성능으로 단백질 구조를 예측가능하다는 것은 CASP 14 결과가 공개된 2020년 12월에 처음 알려졌지만, 알파폴드 의 전모가 공개된 것은 2021년 7월, 딥마인드가 알파폴드에 대한 논문을 발표하고, 알파폴드의 소스 코드를 오픈소스로 공개하여 누구나 실행시켜 볼 수 있도록 한 이후였다. 그 직후 전세계의 구조생물학자 및 계산생물학자들은 알파폴드의 세부적인 부분까지 뜯어보면서 과연 알파폴드가 어느 정도의 성능인지를 확인하였다.

그림 1 :  알파폴드는 2021년 7월 오픈 소스로 누구나 수행해 볼 수 있도록 코드가 완전 공개되었다.

그 결과 알파폴드는 딥마인드가 이미 공개한 것처럼 높은 수준의 정확도로 구조를 예측할 수 있었다. 또한 구조 예측을 하는데는 처음 우려한 것처럼 엄청난 컴퓨터 리소스가 필요한 것도 아니라는 것이 밝혀졌다. 수백만원 정도면 구입할 수 있는 GPU가 달려있는 고사양 게이밍 PC 혹은 엔트리급 워크스테이션 정도의 컴퓨터에서도 무리없이 예측이 가능했다. 한마디로 요즘 사양 좋은 PC를 들여놨다고 하는 PC방 정도의 사양이면 문제없이 알파폴드를 돌릴 수 있게 된 것이다. 그리고 곧 구글의 클라우드 환경에서 직접 예측을 실행할 수 있는 배포판인 ‘코랩폴드(ColabFold)가 등장하여 웹 환경을 사용할 수 있는 사람이면 누구나 단백질 구조를 예측할 수 있게 되었다. 2021년 7월, '세기의 난제'이던 단백질 구조 예측은 스마트폰에서 웹 사이트에 접속하여 아미노산 서열을 입력하면 몇 분 후에 매우 정확한 구조를 예측할 수 있는 문제로 바뀌었다. 

실험구조생물학자의 필수 도구가 된 알파폴드

가장 먼저 알파폴드의 유용성을 실감한 연구자들은 X선 결정학이나 초저온 전자...