합스부르크 가문의 근친결혼은 16세기 두 개의 분가로 나뉜 시기부터 에스파냐-합스부르크 가문이 단절되는 17세기까지 가장 많이 이루어졌습니다. 이 때쯤의 합스부르크 가문의 근친 결혼의 형태를 보면 가장 핵심적인 근친 결혼의 형태는 에스파냐-합스부르크 가문과 오스트리아-합스부르크 가문 사이의 결혼입니다. 이것은 두 분가로 나뉘면서 가문의 이익에 대한 분가들 간의 입장차가 있으면서 이것을 해결하기 위해서 활발히 근친결혼이 일어났던 것입니다.
하지만 이 두 개의 분가와의 근친결혼 외에도 에스파냐 주변 국가들인 포르투갈이나 프랑스와의 근친 결혼 역시 일어났으며 또 제국 내에서도 비텔스바흐 가문이나 이탈리아쪽의 가문들과도 근친결혼이 이루어지게 됩니다. 여기서는 이런 근친결혼이 실제로 어떻게 이루어졌는지 살펴볼까합니다.

에스파냐-합스부르크와 오스트리아-합스부르크로 나뉜 뒤 카를 5세의 자녀들인 펠리페 2세와 그의 누이 동생들인 마리아와 후아나 모두 정치적인 목적으로 근친결혼을 했습니다. 하지만 이 때 특징은 아직 에스파냐와 오스트리아의 이익이 크게 차이 나지 않았기에 주로 포르투갈쪽과의 근친결혼이 심했다는 것입니다.
펠리페 2세의 첫 번째 아내인 포르투갈의 인판타 마리아 마누엘라는 펠리페 2세와 사촌간이었습니다. 포르투갈은 전통적으로 카스티야나 아라곤과 통혼관계가 있었으며 이 때문에 펠리페 2세는 물론 카를 5세 역시 포르투갈의 인판타 이사벨과 결혼했는데 이들 역시 사촌관계였습니다. 카를 5세의 어머니인 후아나와 이사벨의 어머니인 카타리나가 자매관계였었습니다. 그리고 카를 5세와 그의 누이동생인 카스티야의 카타리나는 각각 포르투갈의 이사벨과 주앙 3세와 결혼했었고 카를 5세와 이사벨의 아들인 펠리페 2세와 주앙 3세와 카타리나의 딸인 마리아 마누엘라가 다시 결혼한 상황이었습니다.  뿐만 아니라 마리아 마누엘라의 남...