Claude 3 Opus를 이용한 논문 읽기

남궁석
남궁석 인증된 계정 · 'Mad Scientist'
2024/03/20
이전 블로그 등에서는 논문의 내용을 요약하고 이를 설명하는 컨텐트를 많이 진행했었다. 그러나 최근의 LLM의 급속한 발전으로 인해서 과연 이런 컨텐트를 인간이 작성해야 하는지에 대해서 이제 회의를 가지게 되었다.

'회의씩이나?' 라고 생각한다면 왜 그렇게 생각했는지에 대한 예를 보여주고자 한다.

biorxiv 에 최근 이런 프리프린트가 등장하였다.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.14.585103v1
재미있어 보이는가? 그런데 논문을 읽기 귀찮다. 그래서 요즘 핫한 claude 3 (유료 버전인 claude 3 opus) 에 좀 요약을 해 달라고 하였다.
Claude 3 에 업로드할 수 있는 파일은 최대 5개이고, 각각의 파일은 10Mb인데 논문의 크기는 13Mb 정도라서 논문 본문 및 데이터와 Extended Figure를 따로 별도의 파일로 저장하여 올렸다. 

이 논문은 RFdiffusion이라는 딥러닝 모델을 이용해 특정 항원의 에피토프에 결합하는 항체를 de novo로 설계할 수 있음을 보여준 연구입니다. 이는 기존의 면역 동물이나 라이브러리 스크리닝에 의존하던 항체 개발 방식을 혁신할 수 있는 연구로 평가됩니다.
주요 Figure별 연구 내용은 다음과 같습니다:
Figure 1: 항체 설계를 위해 RFdiffusion 모델을 fine-tuning한 방법론을 개괄적으로 설명
Figure 2: RFdiffusion으로 설계한 VHH 항체들이 RSV, 인플루엔자 HA, SARS-CoV-2 RBD, C. difficile 톡신 TcdB 등 다양한 항원에 결합함을 생화학적 분석(yeast display, SPR)으로 검증함
Figure 3: 인플루엔자 HA에 대해 설계된 VHH 항체의 결합구조를 Cryo-EM으로 규명하고, 컴퓨터 모델링 구조와 거의 일치함을 보임
이 논문을 보다 잘 이해하기 위해서는 다음 참고문헌을 읽어보는 것이 ...
남궁석
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구조기반 신약개발에 관심이 많은 구조생물학자 '과학자가 되는 방법' '암 정복 연대기' '세포, 생명의 마이크로 코스모스 탐사기' '바이러스, 사회를 감염하다' 등의 책을 썼습니다
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