베트남 납치 살해범 검거 후 7년. 광역수사대로 옮긴 마석도(마동석)는 새로운 팀원들과 함께 살인사건을 조사한다. 살인은 신종마약과 관련된 사건. 강남의 클럽과 술집을 중심으로 수사를 진행한 마석도는 일본의 야쿠자가 개입한 증거를 찾는다. 마약 공급책인 주성철(이준혁)은 야쿠자에게 마약을 빼돌리려하고, 야쿠자는 킬러 리키(아오키 무네타카)를 파견한다.

전편의 성공 여부와 상관없이 <범죄도시 3>는 과감하게 재개발을 선택했다. 우선 도시의 중심이 바뀌었다. 마석도는 금천경찰서를 떠나 광역수사대로 이동했다. 마약이라는 국제범죄 아이템으로 도시의 먹거리도 변화했다. 도시의 주민도 바뀌었다. 장첸 같은 지역구급 깡패나 강해성처럼 소규모로 움직이는 범죄자가 아니라 야쿠자 같은 ‘조직’에서 활동하는 빌런이 등장했다. 이처럼 대대적으로 진행된 재개발은 <범죄도시> 시리즈의 변화에 성공적으로 기여했을까.

광역수사대로 조직을 옮겼지만, 마석도의 수사 스타일은 금천경찰서 소속일 때와 크게 변하지 않는다. 일단 큰 사건이 터진다. 인맥(?)을 이용해 근처의 잡범들을 하나씩 턴다. 잡범들의 협력(?)으로 사건의 실마리를 잡는다. 요란한 응징의 시간이 지나고 현장이 정리된 뒤에 도착한 동료들에게 ‘왜 이렇게 늦었냐’며 타박한다. 이처럼 조직의 도움없이 혈혈단신 주먹으로 문제를 해결하는 마석도의 수사 스타일과 규모가 큰 조직범죄에 대응하는 광역수사대에 굳이 필요했을지 모르겠다....