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<스파이더맨: 어크로스 더 유니버스>는 전작의 근간을 흔드는 도발적인 후속작이다. 1편 <스파이더맨: 뉴 유니버스>의 빌런인 킹핀은 차원이동기를 만들어 죽은 아내와 딸을 다른 멀티버스에서 데려오려고 한다. 멀티버스가 중첩되면 도시는 붕괴되고 많은 사상자가 발생한다. 소수를 위한 다수의 희생을 막기 위한 마일즈/스파이더맨의 활약이 1편의 주요 내용이다. 2편에서는 모든 멀티버스의 스파이더맨들이 겪어야 할 공식 사건(Cannon) 중 하나인 아버지 제프의 죽음을 막기 위해 마일즈가 온갖 멀티버스를 누빈다. 이 역시 멀티버스의 붕괴를 불러올 위험이 있지만 마일즈는 개의치 않는다.

새로운 빌런 지점은 이처럼 슈퍼히어로와 빌런의 모호해진 경계를 아예 무(無)로 돌린다. 스팟은 킹핀이 운영하는 알케멕스의 연구원이었지만 마일즈 때문에 차원이동기가 폭주하는 탓에 하얀 몸뚱이에 검은 구멍만 있는 몸으로 바뀐다. 주변 사람에 놀림을 받고 직장도 잃은 그는 빌런으로 결국 흑화한다. 42지구의 방사능 거미를 불러와 스파이더맨의 탄생에 기여하기도 한 스팟은 본인이 스파이더맨의 아치에너미(숙적)라고 선언한다. 그는 스파이더맨처럼 멀티버스를 이동하고, 차원이동기를 흡수하며 힘을 키운다.

지구2099의 스파이더맨 미겔의 등장은 이미 빌런과 경계가 사라진 마일즈의 정체를 더 혼란스럽게 만든다. 미겔은 멀티버스의 붕괴를 막기 위한 스파이더버스의 리더다. 공식 사건으로 잃은 가족을 찾기 위해 노력하다가 또 다른 비극을 이미 겪은 그는 멀티버스의 붕괴를 예측하고 사전에 차단한다. 공식 사건을 거부하고 멀티버스의 위기를 불러올 마일즈를 가만둘 수 없는 것도 미겔 입장에서는 당연하다. 미겔은 전 멀티버스에서 스파이더맨을 소집해 마일즈를 뒤쫓는다.

이런 흐름을 따라가면 자연스럽게 두 가지 질문에 도달한다. 우선 슈퍼히어로의 정체성이다. 스파이더맨은 가까운 이를 잃는 공식 사건을 겪는다. 이 상실을 통해 큰 힘에는 큰 책임이 따른다는 교훈...